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如果苹果手机短信删除了但仍然显示有很多未读短信，可能有以下几种原因。
1、短信应用缓存过多：可以尝试清除短信应用的缓存，或者重启设备，这可能会解决问题。
2、短信未完全删除：可能在删除短信时并未完全删除，可以尝试重新进入短信界面，再次删除一遍。
3、系统错误或软件问题：可能是系统错误或短信应用本身的问题导致的，可以尝试更新系统或软件版本，或者重新设置短信应用。
4、短信未从服务器同步：如果手机与iCloud或其他云服务同步，可能存在已删除短信仍显示在设备上的情况，可以检查并同步iCloud或其他云服务设置，以确保短信已完全从服务器移除。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求帮助。